Претставува варијација на ICSI, но со таа разлика што при IMSI  со помош на специјален микроскоп, на големо зголемување ембриологот ги анализира сите структури на сперматозоидот, вклучително и јадрото каде се наоѓа генетскиот материјал и на тој начин го одбира структурно најздравиот.

Има студии кои покажуваат дека користењето на IMSI го зголемува процентот на успешни бремeности.